Franz Fischler wurde am 23. September 1946 im tirolerischen Absam in Österreich geboren. Noch während er das Franziskaner-Gymnasium in Hall in Tirol besuchte, musste er im Alter von 14 Jahren den kleinen Bauernhof seiner Großeltern bearbeiten. Nach der Matura entschied er sich für das Studium der Landwirtschaft an der Universität für Bodenkultur in Wien, das er 1973 abschloss. Danach war er bis 1979 wissenschaftlich tätig.

Im Jahr 1979 begann Franz Fischlers Karriere in der landwirtschaftlichen Interessensvertretung. In der Landwirtschaftskammer Tirol kümmerte er sich zuerst um die Bereiche Umweltschutz, Bildung, Kultur und Landschaftsplanung, bis er 1984 zum Direktor bestellt wurde. 1989 wurde Franz Fischler - inzwischen vierfacher Familienvater - zum österreichischen Bundesminister für Land- und Forstwirtschaft ernannt. In dieser Funktion war er maßgeblich an den Beitrittsverhandlungen Österreichs zur Europäischen Union beteiligt. 1990 und 1994 wurde Franz Fischler in den österreichischen Nationalrat gewählt, er übte das Abgeordnetenmandat aber aufgrund seiner Tätigkeit als Minister nicht aus.

Von 1995 bis 1999 war Franz Fischler EU-Kommissar für Landwirtschaft und ländliche Entwicklung. Vom September 1999 bis zum Jahre 2004 war er zusätzlich für die europäische Fischereipolitik verantwortlich.

Seit Ende 2004 beschäftigt sich Franz Fischler vorwiegend mit beratenden Tätigkeiten, Lehrveranstaltungen und ist Vorsitzender des Ökosozialen Forums Europa.